Był bratankiem cesarza Austrii Franciszka Józefa I. To właśnie on miał być kolejnym cesarzem Austo-Węgier. Zginął w zamachu będącym dziełem organizacji Czarna Ręka, do którego doszło 28 czerwca 1914 r. w Sarajewie.
Franciszek Ferdynand zginął od kul serbskiego zamachowca. Kiedy strona serbska odmówiła Austro-Węgrom udziału w śledztwie mającym na celu wyjaśnienie kulisów zbrodni, doszło do konfliktu, a zamach w Sarajawie został uznany za bezpośrednią przyczynę wybuchu I wojny światowej. Podczas zamachu sarajewskiego zginęła też żona Franciszka Ferdynanda - Zofia von Chotek.